Markus Hodel ha studiato storia all’Università di Friburgo. Ha conseguito un dottorato in storia contemporanea e ha completato la formazione manageriale nel quadro dell’International Executive Programme (IEP) presso l’INSEAD di Fontainebleau, vicino a Parigi. Ha maturato diversi anni di esperienza professionale a Friburgo e Berna. Dal 1996 al 2002 è stato a capo della sezione per l’istruzione superiore del Dipartimento della Formazione del Cantone di Lucerna. È stato poi rettore della Scuola universitaria professionale di Lucerna dal 2003 al 2008.
Dal 2004 al 2007 Markus Hodel è stato presidente della Conferenza dei rettori delle scuole universitarie professionali svizzere (KFH). È stato poi cancelliere di Stato del Cantone di Lucerna dal 2008 al 2011. Dal 2012 al 2022 è stato nuovamente rettore della Scuola universitaria professionale di Lucerna e presidente della direzione della scuola universitaria. Durante il suo rettorato, è stato membro del Consiglio di fondazione del Fondo nazionale svizzero e di varie delegazioni di swissuniversities, nonché presidente dell’Associazione svizzera Higher Education Management e della Conferenza di Bürgenstock.