Gemäss der Gebührenverordnung des Schweizerischen Akkreditierungsrates (Artikel 3) werden grundsätzlich kostendeckende Gebühren erhoben.
Bei der institutionellen Akkreditierung werden den öffentlich-rechtlichen Hochschulen nur die direkten Kosten in Rechnung gestellt, den privaten Hochschulen die direkten und indirekten Kosten. Die direkten Kosten der institutionellen Akkreditierung belaufen sich pauschal auf 32’000 Franken (exklusive MwSt), die indirekten Kosten auf 27’000 Franken (exklusive MwSt). Bei der Programmakkreditierung werden allen Hochschulen die direkten und indirekten Kosten in Rechnung gestellt. Die direkten Kosten der Programmakkreditierung belaufen sich pauschal auf 13’000 Franken (exklusive MwSt), die indirekten Kosten auf 20’000 Franken (exklusive MwSt).
Die Gebühren werden je nach Grösse der Gutachtergruppe und Dauer der Vor-Ort-Visite angepasst. In diesen Pauschalen sind die Kosten für eine allfällige Auflagenprüfungen nicht enthalten; sie werden nach Aufwand verrechnet.