Markus Hodel studierte Geschichte an der Universität Freiburg. Er promovierte in Zeitgeschichte und absolvierte eine Management-Weiterbildung im Rahmen des International Executive Programme (IEP) am INSEAD in Fontainebleau bei Paris. Er sammelte mehrere Jahre Berufserfahrung in Freiburg und Bern. Von 1996 bis 2002 war er Chef der Gruppe Hochschulen im Bildungsdepartement des Kantons Luzern. Danach war er von 2003 bis 2008 Rektor der Hochschule Luzern.
Von 2004 bis 2007 war Markus Hodel Präsident der Rektorenkonferenz der Fachhochschulen der Schweiz (KFH). Von 2008 bis 2011 war er dann Staatsschreiber des Kantons Luzern. Von 2012 bis 2022 war er erneut Rektor der Hochschule Luzern und Vorsitzender der Hochschulleitung. Während seines Rektorats war er Mitglied des Stiftungsrats des Schweizerischen Nationalfonds und verschiedener Delegationen von swissuniversities sowie Präsident des Schweizerischen Vereins Higher Education Management und der Bürgenstock-Konferenz.